当他们回国后，..南下广州任大元帅，领导第一次护法运动。由于受到军阀和政客的排挤，愤而辞去大元帅职务。这时..困居上海，一筹莫展，极度苦闷，好似陷入绝望境地。宋庆龄对..在生活上悉心照料，在精神上鼓励..振作起来。
宋庆龄深知..爱好读书，随时帮助他收集有价值的书和报刊杂志，协助..查阅资料，著书立说。从1918—1919年间，..闭门谢客，撰写文稿，决心改变现状。这期间的著作，都包含着宋庆龄的心血。她还帮助..起草许多电函稿，作英文翻译，勤勤恳恳地尽到秘书的职责。她还加紧学习德文、俄文，为和苏联联系做准备。..和宋庆龄对列宁十分钦佩。这期间，宋庆龄多次帮助..与苏联联系。1918年，..与列宁开始往来电函。1922年，列宁和..之间第一次建立了直接联系。宋庆龄说：“在通信往来当中，这两位伟大的革命战士在争取人类自由和进步的斗争中携起了手来。”
历史事实证明，..和宋庆龄结合在一起，的确“能够成就他们分居时所不能成就的事业”。
1920年11月25日，宋庆龄随同..离开上海重返广州，恢复军政府工作。二人临时住在新亚酒店，后移至粤秀楼。1921年4月，..在广州召开非常会议，决定成立中华民国正式政府，总统府设在越秀山南麓。1921年5月5日..就任临时大总统。10月24日，..抵达桂林，计划集师北伐，宋庆龄在后面积极配合..的军事行动，发动妇女组织“出征军人慰劳会”。同时，宋庆龄动员各界人士，募集到巨额慰问经费，组织慰劳队到前线慰问出征的战士，随后由人护送到桂林。
在桂林，..和宋庆龄会见了列宁派来的代表马林。正在北伐军顺利进军的时候，..亲自培植起来的部属陈炯明在后方密谋反叛。1922年5月18日其部将率重兵乘虚潜入广州，广州气氛非常紧张，粤秀楼近处驻满陈炯明部队。为扭转局势，宋庆龄与..不得不迅速赶回广州，了解到陈部确有谋反迹象。6月12日，..在广州举行记者招待会，希望陈炯明所部退回东江原防。然陈叛迹日著，数名要员、华侨被杀，事态十分严重。15日晚，陈炯明部队已经开始包围总统府。..得知陈叛变的确切消息时，十分伤心，“悲愤得欲以身殉职”。
6月16日凌晨两点，..得到秘密报告，陈炯明部队将攻击粤秀楼，情势危急。宋庆龄正在酣梦中，忽被..叫醒，要她随他一块撤离险地。宋庆龄顾全大局，临危不惧，认为若同..一同行动，易被判军发现。因此，坚持留下来掩护..秘密撤离，并深情地看着..说：“中国可以没有我，不可没有你！”卫士们都劝宋庆龄赶紧撤离，但阻挡不住她的决心。..不得已才答应先行。但是令50名卫队全留守府中，自己只身逃出。..两次避过叛军耳目，终于到达黄埔永丰舰上，按事先约定，鸣炮三响，以示安全抵达永丰舰。震撼夜空的三声炮响传到粤秀楼，宋庆龄和卫队人员才松了一口气。
在..走后半小时，忽然炮声四起，叛军开始向粤秀楼发起进攻。叛军占据山地，居高临下，左右夹击，还疯狂地喊着：“打死孙文！打死孙文！”由于四周漆黑，看不到敌兵，小卫队暂未还击。黎明时，卫队开始用来福枪和机关枪与叛军对射。奋勇抗击，击退叛军三十余次的进攻。叛军又用炮猛轰粤秀楼，洗澡房被炮弹击毁。但卫队仍英勇作战，毫不畏惧。8时许，子弹快打完了。由于..已安抵永丰舰，此时留在山上也没有意义了，宋庆龄决定下山。于是两名卫士和姚队长他们四人，循着天桥往前爬行。流弹在空中飞鸣，有一二回正从宋庆龄的鬓部穿过。当他们刚刚穿过天桥，天桥就被叛军炸塌。姚队长中弹倒下。两位卫士把他抬入总统府后院进行包扎。当他们来到总统府时，周围尽是炮火，宋庆龄刚走出总统府房间，房屋顶就被炸塌。自晨8时到下午4时，宋庆龄他们无异藏身于炮火连天的地狱里。