美国贝勒医学院冠状病毒重组证据表明，新冠病毒来源于穿山甲

2月7日，华南农业大学发布最新研究功效，指出穿山甲为新型冠状病毒的潜在中央宿主。但至今尚未有任何具体研究究竟发布或数据揭橥。 （原创文章久久自媒体）

2月13日，美国贝勒医学院分子病毒学和微生物学系的Alkek宏基因组学和微生物组研究中心的JosephF.Petrosino和其研究团队在bioRxiv..上揭橥题为“EvidenceofrecombinationincoronavirusesimplicatingpangolinoriginsofnCoV-2019”（冠状病毒重组的证据表明，nCoV-2019发源于穿山甲）的文章。

（本文来自www.jj00.com）

https://doi.org/10.1101/2020.02.07.939207

新型冠状病毒（nCoV-2019）是2019年12月在中国湖北省武汉市呼吸道疾病暴发的原因。经由基因组序列剖析发现，nCoV-2019与2013年从蝙蝠平分离出的冠状病毒RaTG13有96％的相似性。然则，这两个基因组的受体连系基序（RBM）序列相似性较低。这种差别表明nCoV-2019中RBM编码序列或者有替代起原。

RaTG13基因是从中华菊头蝠（Rhinolophusaffinis）平分离出来的冠状病毒，RaTG13是与nCoV-2019最相关的冠状病毒基因组，然则其他病毒株或者也对其基因组有所影响。

中华菊头蝠

为了索求这一假设，该研究团队搜检了一些病毒宏基因组数据集，寻找潜在的与nCoV-2019的RBM序列相似的冠状病毒。研究人员从马来穿山甲（Manisjavanica）病毒宏基因组数据集中提取到一种冠状病毒，这种冠状病毒介入宿主传染的基因组要害部门与nCoV-2019具有较高的序列统一性，该究竟表明nCoV-2019或者存在重组事件以及更复杂的发源。

冠状病毒刺突卵白是介导病毒进入宿主细胞的三聚体卵白。它由两个构造域构成：S1和S2。S1构造域包含两个亚构造域：S1-NTD和S1-CTD，也称为受体连系域（RBD）。S2构造域编码棘突卵白的头部，在SARS样冠状病毒中高度保守。为了传染宿主细胞，，RBD必需首先连系宿主细胞上的外观卵白。就SARS-CoV和nCoV-2019而言，就是在人类气道上皮以及肺实质等组织中表达的血管重要素转化酶2（ACE2）受体。RBD连系后，S1/S2的保持必需经由外观卵白酶切割。

冠状病毒（..部门为刺突卵白）

凭据报道，RaTG13和nCoV-2019刺突卵白的RBD之间的氨基酸同源性光鲜降低。进一步对RaTG13中RBD剖析表明，大部门差别仅限于435位至510位氨基酸残基（75％的核苷酸统一性和78％的氨基酸统一性）。该区域对应于受体连系基序（RBM），与宿主特异性有关。RBM的这种差别表明nCoV-2019中RBM编码序列或者有替代起原。

在搜检的三个病毒宏基因组数据集中，只有穿山甲数据集中包含冠状病毒基因组，与nCoV-2019具有显著同源性。该数据集中的两个样本发生了两部门冠状病毒基因组，这两部门有在8.4kb的重叠，重叠部门的核苷酸一致性大于99％。归并后，最终的穿山甲冠状病毒基因组草图与nCoV-2019有90.5％的相似性。图1显露了穿山甲冠状病毒、RaTG13冠状病毒和蝙蝠冠状病毒相对于nCoV-2019的序列同源性（图1A显露了整个基因组长度的同源性）。

与nCoV-2019比拟，跨RBM片段的多重比对显露穿山甲冠状病毒与nCoV-2019有89％的核苷酸（图1B）和98％的氨基酸统一性（图1C）。序列同源性图显露，在RBD区域，相对于RaTG13冠状病毒和Bat冠状病毒，穿山甲冠状病毒与nCoV-2019更相似（图1B）。

图1.序列同源性

多重比对显露，nCoV-2019中S1/S2保持处存在“PRRA”插入区域，而在其他三个冠状病毒基因组中缺失（图2）。

图2.红框中为“PRRA”插入区域

比来的冠状病毒流传存在非蝙蝠中央宿主。事实上，SARS和MERS离别来自于果子狸和骆驼中重组的冠状病毒。尽管nCoV-2019的早期迹象表明该病毒或者直接从蝙蝠传染给人，但在这里供应的证据表明nCoV-2019或者是由中央宿主中的另一种重组冠状病毒引起的。马来穿山甲的病毒多样性数据集中发生了一个冠状病毒基因组，该基因组与nCoV-2019的RBM区段具有89％的核苷酸和98％的氨基酸一致性。此外，RaTG13基因组仅有介入受体连系基序的五个要害氨基酸中的一个一般，而穿山甲冠状病毒所有五个要害残基都一般（图1C中方框标示）。

是以，似乎nCoV-2019中的RBM是由在穿山甲中发现的冠状病毒与RaTG13之间发生重组事件引入的。鉴于RBM与宿主特异性有关（具有高度保守性），RaTG13不太或者经由随机突变获得穿山甲冠状病毒基因组中的RBM序列。研究人员猜测nCoV-2019与穿山甲冠状病毒在RBM上的同源性或者是由重组事件引起的。

穿山甲冠状病毒与nCoV-2019在S1-NTD亚构造域之间的氨基酸序列相似性较低。然则，从RBD到S2构造域的相似性有所提高（图1A-B）。这表明在S1-NTD和RBD保持处，蝙蝠冠状病毒和穿山甲冠状病毒之间或者发生重组事件。固然穿山甲冠状病毒和nCoV-2019在氨基酸水平上具有很高的保守性，但并未反映在核苷酸统一性上，这表明重组事件发生在更遥远的曩昔，随后发生基因漂移。

穿山甲

一种如许的突变是在S1/S2保持四周插入“PRRA”氨基酸残基——可被弗林卵白酶切割。进入宿主细胞的第二个要求是S1/S2构造域处的卵白水解，以介导ACE2连系后的膜融合，而弗林卵白酶切割基序的引入或者是nCoV-2019可以在人类中复制的另一个原因（图2）。

这项剖析的首要局限性是缺乏由穿山甲发生的其他病毒数据集，或许从穿山甲星散出可用于与nCoV-2019进行多基因组比对的冠状病毒基因组。此外，今朝的剖析仅存眷nCoV-2019的刺突卵白，而没有研究或者导致宿主嗜性转变的其他重组事件。

武汉华南海鲜批发市场

尽管如斯，在nCoV-2019的宿主-受体连系卵白中识别出或者的重组事件，表明存在一个中央宿主，支撑持续监测受这类病毒传染的物种，包罗穿山甲，以及在武汉华南海鲜批发市场等市场出售的所有小型哺乳动物，以更好地认识人畜共染病流传事件。